潔凈室技術(shù)經(jīng)歷半個世紀(jì)的發(fā)展，其應(yīng)用范圍越來越廣泛，技術(shù)要求也越來越復(fù)雜。目前，它的代表性應(yīng)用領(lǐng)域為微電子工業(yè)、醫(yī)藥衛(wèi)生及食品工業(yè)等。它的應(yīng)用領(lǐng)域主要有：
  1、微電子工業(yè)。
  2、半導(dǎo)體制造業(yè)。
  3、微機(jī)械加固業(yè)。
  4、光學(xué)工業(yè)。
  5、純化學(xué)試劑制造業(yè)。
  6、生物技術(shù)工業(yè)。
  7、制藥工業(yè)。
  8、醫(yī)療器械與移植裝置的生產(chǎn)與包裝工業(yè)。
  9、食品與飲料工業(yè)。
  10、醫(yī)院及其他保健機(jī)構(gòu)。

  一.微電子工業(yè)：

微電子工業(yè)是當(dāng)前對潔凈室要求最高的行業(yè)。大規(guī)模和超大規(guī)模集成電路（LSI、VLSI）的發(fā)展，對微塵控制要求越來越高。集成電路制造工藝中，集成度越大，圖形尺寸（以線寬為代表）越細(xì)，對潔凈室控制粒徑的尺寸也要求越小（通常為線寬的1/10），且含塵量也要求越低。此外，現(xiàn)代工業(yè)中的液晶、光纖等的生產(chǎn)，同樣有潔凈度的要求。
  二.醫(yī)療工業(yè)：
  （1）藥品生產(chǎn)我國的《藥品生產(chǎn)管理規(guī)范》（又稱GMP）已在全國范圍內(nèi)實施，對相應(yīng)工藝過程及生產(chǎn)環(huán)境提出了不同潔凈級別的要求。對于原料藥制備、粉劑、針劑、片劑、大輸液的生產(chǎn)、灌裝等工藝，均已制定了潔凈區(qū)和控制區(qū)的潔凈標(biāo)準(zhǔn)。除了限定空氣中塵埃粒子的大小和含量外，對生物粒子（細(xì)菌數(shù)）也有明確的限制。
  （2）醫(yī)院白血病的治療室、燒傷病房、外科手術(shù)室，也必須根據(jù)具體條件采用空氣潔凈技術(shù)，以防止空氣中細(xì)菌感染，對治療環(huán)境起到控制作用。

  
  三.食品工業(yè)：食品工業(yè)中使用潔凈技術(shù)較有代表性的是無菌裝罐。食品的無菌包裝（如軟包裝鮮果汁、牛乳等），在保持食品色、香、味、營養(yǎng)等方面大大優(yōu)于高溫殺菌的罐裝食品。所謂無菌包裝，就是在潔凈環(huán)境中完成包裝工藝。除無菌罐裝外，空氣潔凈技術(shù)在食品的釀造、發(fā)中對純種的培養(yǎng)、分離、接種、擴(kuò)種以防止菌體等污染及提高產(chǎn)品質(zhì)量也有重要作用。

  四.生物安全：在遺傳工程、藥品及病理檢驗、生物分子學(xué)、國防科研等方面常常需要在無菌無塵的環(huán)境中進(jìn)行操作方面要求試件不受其他微生物污染，另一方面又要求所研究的材料，如腫瘤病毒、高危險度病原菌、放射性物質(zhì)等不致外溢，危害操作者的健康及污染環(huán)境。對于這類實驗操作，一般要求兩級隔離，第一級常用生物安全工作柜使工作人員與病原體等危險試件隔離；第二級是將實驗工作區(qū)與其他環(huán)境隔離。這類實驗室與一般潔凈室不同，其處于負(fù)壓狀態(tài)。
  五.實驗動物飼養(yǎng)：為了保證醫(yī)藥品、食品長期試驗的安全性，以及病理等方面研究結(jié)果的可靠性，要求實驗動物在潔凈環(huán)境中飼育。從控制微生物的角度出發(fā)，可將醫(yī)學(xué)及生物學(xué)等實驗所用的實驗動物飼育環(huán)境分為三類：隔離系統(tǒng)、半隔離系統(tǒng)和開放系統(tǒng)。前兩類系統(tǒng)所飼養(yǎng)動物要求無菌（包括細(xì)菌、病毒寄生蟲等），或者僅允許帶有已知的幾種微生物，或者不允許帶有某些特定的致病菌等。
  空氣潔凈技術(shù)也廣泛應(yīng)用于字航、精密機(jī)械、儀器儀表、精細(xì)化學(xué)等行業(yè)中。